厚生労働省の補助事業として、医療安全支援センターの円滑な事業運営のための支援が行われています。2018年（平成30年）からは一般社団法人医療の質安全学会が総合支援事業を運営しています。 
2016（平成28）年度 事業内容
各地の医療安全支援センターを総合的に支援することを目的に、6つの施策を実施します。
1．初任者研修A・Bの実施【実施時期：2016年5～7月】
センター職員のうち、相談対応の初任者を対象に、初任者研修A・Bを開催します。昨年度までの初任者研修・ブラッシュアップ研修を統合・再編したもので、初任者研修Aは「相談対応の基礎」、初任者研修Bは「相談対応の実際」として、計6回（東京4回、京都2回）開催します。
2. 実践研修の実施【実施時期：2016年10～11月】
すべてのセンター職員を対象に、センターに寄せられる相談に関連した他の機関の活動、医療機関における医療安全や相談対応の活動を知ることを目的として、実践研修を2回（東京、京都（予定））開催します。
※医療機関の安全管理・患者相談部門の職員にも参加していただけます。
3．ジョイントミーティング（JM）の開催【開催時期：2016年5月～2017年2月頃】
2016年5月12日に開催した代表者JMでは年度初めのキックオフおよび意見交換を実施しました。
2017年1-2月に開催予定のJM全国大会では、総合支援事業の実施報告や、全国の医療安全相談等における取り組みから得られた知見を共有する予定です。
地方JMは、先進的な取り組みをしている医療安全支援センター・相談員の協力を得て、地域における支援センターの役割を考えます。
※一部のJMには医療機関の安全管理・患者相談部門の職員にも参加していただけます。
4．教訓的事例等に関する情報提供【情報提供期間2016年4月～2016年度末】
当ホームページを、センターの認知度を高めたり、センターへのアクセスをしやすくしたりするためのツールとして位置づけ、コンテンツの拡充を図ります。
5．医療安全支援センター実態調査の実施【実施時期：2016年7月頃～2016年度末】
各センターの設置状況および運営状況について調査を行い、その結果を情報公開します。
6．その他、医療安全支援センターを支援する事業【実施期間：2016年4月～2016年度末】
以下、（1）から（3）の支援を行う予定です。
（1）研修企画・運営のサポート
（2）プロジェクトチーム（PT）活動・相談支援者ネットワークの構築
- PT1：住民啓発研修企画
- PT2：相談員のピアレビュー
（3）活動促進のためのコンテンツ作りとして「医療安全支援センター相談対応ガイドブック」の改編
