厚生労働省の補助事業として、医療安全支援センターの円滑な事業運営のための支援が行われています。2018年（平成30年）からは一般社団法人医療の質安全学会が総合支援事業を運営しています。 
2011（平成23）年度 事業内容
「各医療安全支援センターが自主的にセンターの体制強化や活性化のための取り組みを進めることができるようになる」ということを目標に支援を行ないます。具体的には以下の6つの施策を実施します。
1．初任者研修の実施【実施時期：2011/8～9】
センター職員のうち、苦情・相談対応の経験が概ね1年以下の初任者を対象に、相談を受ける際の基本的な姿勢や技術を学ぶことを目的として、全国4ブロックで初任者研修を開催します。
2. 実践研修の実施【実施時期：2011/9～10】
すべてのセンター職員を対象に、センターに寄せられる相談に関連した他の機関の活動、医療機関における医療安全や相談対応の活動を知り、センターの役割と今後の連携を考えることを目的として、東日本（東京）・西日本（名古屋）の2ブロックで実践研修を開催します。
※医療機関の安全管理・患者相談部門職員の参加を認めます。
※初任者研修と実践研修の連続開催を試みます。
3．ジョイントミーティング（JM）の開催【開催時期：2011/6～2012/2】
センター職員の経験交流の場、情報交換の場、各センターの取り組み発表の場として、または医療機関等への情報発信の場として、ジョイントミーティング（JM）を開催します。
※JMの一部は医療機関の安全管理・患者相談部門職員の参加を認めます。
4．教訓的事例等に関する情報提供【情報提供期間2011/4～2012/3】
当ホームページを、センターの認知度を高めたり、センターへのアクセスをしやすくしたりするためのツールとして位置づけ、コンテンツの拡充を図ります。
5．医療安全支援センター実態調査の実施【実施時期：2011/9～2011/3】
各センターの設置状況および運営状況について調査を行い、その結果を情報公開します。
6．その他医療安全支援センターを支援する事業【実施期間：2011/4～2012/3】
1）プロジェクトチーム（PT）の活動の継続と発展
2009（平成20）年度総合支援事業から開始したプロジェクトチーム（PT）活動の継続と発展、および新規に立ち上がるPTの活動を支援します。
2）情報更新の迅速化
全国の医療安全支援センターの相談受付時間、相談受付方法等の情報更新をリアルタイムに実施します。
3）センターと支援事業の連絡体制の強化
センター事務連絡担当者にメールアドレスを登録していただくことで、事務連絡の迅速化を図ります。これをメーリングリスト化し、アンケート調査や事務局・厚生労働省からの情報提供などを行います。
4）PT活動者・センター経験者のネットワーク構築
これまでのPT活動者やセンター業務経験者のネットワークを構築する試みを行います。
5）「相談の相談会(仮称)」立ち上げと定期開催
医療安全支援センターで日々相談対応にあたっている職員が集まって、日ごろの相談対応や事例について情報交換したり助言を受けたりする場を設定し、定期的に開催します。
6）センター間の相互チェック
長期的視点でセンター間の相互チェックを実施できるような体制を目指し、全国のセンターのうち数箇所を事務局が訪問し検討します。
