厚生労働省の補助事業として、医療安全支援センターの円滑な事業運営のための支援が行われています。2018年（平成30年）からは一般社団法人医療の質安全学会が総合支援事業を運営しています。 
2007（平成19）年度 事業内容
1. 経験年数に応じたモジュール型研修の開催
苦情・相談対応の経験年数に応じて、必要となる知識・技術を習得するための研修を開催します。2007年度は「医療安全支援センターにおける苦情・相談対応のための実践講座2007」基礎コースと応用コースを全国４ブロックで開催する予定です。センター職員としての経験２年未満の方が基礎コースの対象者、２年以上の方が応用コースの対象者となります。コミュニケーションスキル、関連する医事法制、紛争解決制度等について講義やディスカッション、グループワークなどを通して学びます。
2. 医療安全支援センター協議会の開催
センター職員と医療機関の医療安全管理部門や患者相談窓口部門の担当者が共に会し、経験交流を行う場として医療安全支援センター協議会を開催します。協議会はブロック内の医療機関に医療安全支援センターの存在および担っている役割を周知し、両者の連携を深めるきっかけ作りを行うことを目的としています。
2007年度は「医療安全支援センターにおける苦情・相談対応のための実践講座2007」と同時期に全国４ブロックでブロック別協議会を開催、その内容を踏まえて、12月に東京で全国大会を開催予定です。
3．センター職員用ホームページの立ち上げ
センター職員がより迅速かつ簡便に各種情報を入手できるように、センター職員用ホームページを立ち上げ、インターネットを通じて情報提供を行っていく予定です。
コンテンツとしては、センター職員どうしの掲示板、キーワード検索可能な対応マニュアル、キーワード検索可能な対応困難事例データベースなどを検討しています。
